No muchos lugares en el orbe poseen un clima tan atractivo como el que se manifiesta en Zipolite. Por lo común se presenta como soleado y cálido, incluso durante la temporada de lluvias, puesto que, en esas fechas, el sol aparece radiante, para prodigar al territorio costero oaxaqueño con sus rayos de luz. Por supuesto, cada estación o temporada del año se caracteriza por determinados aspectos, siendo la temporada más conveniente en sentido turístico, la comprendida entre noviembre y abril. No obstante, el periodo de lluvias que se desarrolla entre junio y octubre es también muy grato, puesto que las lluvias son moderadas y cortas, principalmente por las noches.